水冷散熱器也要適量塗抹矽脂，需要半年重新換一次，才能保證良好的散熱效果。
導熱矽脂的作用是填充CPU與散熱片之間的空隙並傳導熱量。因為製作再精良的散熱片與CPU接觸時都難免有空隙出現。因此無論是使用風冷還是水冷的CPU散熱器，都很有必要使用導熱矽脂填充CPU與散熱片之間的空隙，讓CPU達到更好的散熱功能。
水冷散熱器的冷頭上面的矽脂一般是半年左右更換一次。尤其是每年一到夏天的時候，就必須要更換新的矽脂到這個冷頭上面。更換的目的就是為了提高CPU頂蓋的熱量到這個冷頭上面的導熱係數。更換了以後，基本上能夠顯著的提高CPU的導熱能力，使CPU的溫度更低更穩定。
