區別是工作職責不同。
醫保科 主要對醫保資料進行處理，負責對住院病人的結算。
醫務科負責醫療檔案、醫務人員技術檔案的歸、建檔工作。
負責處理日常工作的上傳下達。
負責完成執業（助理）醫師註冊工作及定期考核工作。
負責解決院內、院外會診的聯絡及登記工作。
完成各類公文收、發、催辦處理、歸檔整理工作。
兩者業務不一樣，醫保科是負責醫保業務的科室，主要是負責患者醫保報銷系統的管理，政策宣傳落實，辦理相關醫保業務，醫務科是負責醫療救治，醫療交流，學術研究，負責醫院的醫務人員管理，所以兩者從內容上來講不一樣，擔負的任務也不一樣
醫保科主管醫院和醫保相關的法律法規解釋和醫保結算彙總。醫務科主管醫院醫療質量和醫院與醫療業務有關的事宜。二者管理的內容和人群不同，醫保科的職能是就醫人群的醫保報銷，結算和醫保彙總，醫務科則是醫院內部醫生的醫療質量和醫療水平考核管理。
