首先是绩效考核模式。外科医生是以岗位系数为基础的RBRVS（以资源为基础的相对价值比率）为标准进行考核内科则引入DRGs，根据疾病严重程度，对医生工作量进行考核。
其次，分配方式上，从院科两级分配到医院直接核发到个人（85%的绩效由医院根据医生的工作考核直接发到个人，15%由科室进行统筹）。
华西医院的医师绩效分配和考核自成一体，形成了既能体现医务人员岗位价值和劳动价值，也兼具激励和引领作用的体系。
同样，在护理人员绩效考核方面，华西医院也是不断创新，其绩效评价建立在以护理单元为主体的绩效考核机制基础上，之后可根据实际工作量的变化进行适当的调整，各护理单元根据劳动负荷高低分为特级、甲、乙、丙、丁、戊6个类别，分别赋予不同的系数标准，然后通过下列公式得出个人基本系数作为薪酬分配的依据：基本系数=护理单元工作负荷等级系数×护理专业岗位层级系数×管理岗位系数。
护理职系薪酬管理规范了考核关键指标和评估标准，在护理人员的层面实现了同工同酬的量化公平分配，并能在一定程度上提升了团队凝聚力。
