等位基因的分离一般来说发生于减数第一次分裂后期：同源染色体分离导致等位基因分离但如果考虑交叉互换或者基因突变的话也可能发生于减数第二次分裂的后期或者有丝分裂的后期。
在杂合子细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性当细胞进行减数分裂，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入两个配子当中，独立地随配子遗传给后代。基因分离定律与基因自由组合定律、基因的连锁和交换定律为遗传学三大定律。
等位基因的分离和非等位基因的自由组合都发生在减一后期，也就是减数分裂产生配子的时候，随着同源染色体分离而分离，非同源染色体组合而组合
