（一）强化管理，明确责任：各级农业部门要提高认识，扎实推进重点流域农业面源污染综合治理工作，确保工程建设取得实效。
（二）规范建设，保障质量：项目实施主体要选择从事农业生态环境保护的专业机构作为技术支撑单位，协助开展实施方案编制，负责项目全程技术指导，确保技术措施落地。
（三）完善机制，长效运行：项目实施主体要建立后续运行保障机制，明确项目建成后运行主体，由专人负责治理设施的运行、维护和服务，发挥工程建设的长期效益。
（四）绿色补贴，政策引导：结合农业面源综合治理工程建设，采取政府财政补贴的方式，对测土配方施肥、低毒生物农药使用、病虫害统防统治、耕地质量保护与提升、农业清洁生产示范、畜禽粪污资源化利用等给予补贴，引导生产经营主体规范农业生产行为，积极参与农业面源污染防治。
（五）加大宣传，广泛发动：充分利用报纸、广播、电视、新媒体等途径，加强农业面源污染防治的科学普及、舆论宣传和技术推广，让社会公众和农民群众认清农业面源污染的来源、本质和危害，了解掌握农业清洁生产技术和污染防治措施，理解、支持、参与到农业面源污染防治工作中来。
