1、因地制宜原则。不同区域具有不同的自然环境，如气候、水文、地貌、土壤条件等，区域差异性和特殊性要求在生态修复时要因地制宜，具体问题具体分析。依据研究区的具体情况，在长期试验的基础上，总结经验，找到合适的生态修复技术。
2、生态学与系统学原则。生态学原则要求生态修复应按生态系统自身的演替规律，分步骤、分阶段进行，做到循序渐进。生态修复应在生态系统层次上展开，要有系统思想。
3、可行性原则。可行性原则要求生态修复的经济可行、技术措施可行，并且社会可接受。经济可行要求在实施生态修复时，应有一定的物力、人力和财力保证技术措施可行要求在生态修复过程中实施的技术措施，在实践操作中具有可行性社会可承受性原则要求生态修复工程的启动，必须保障人民群众的生产和生活，并符合修复区广大人民群众的愿望。
4、风险最小、效益最大原则。由于生态系统的复杂性和某些环境要素的突变性，加之人们对生态过程及其内在运行机制认识的局限性，人们不可能对生态修复的后果、生态演替的方向进行准确的估计和把握。从某种意义上讲，生态修复具有一定的风险性，生态修复需要大量人力、物力、财力的投入。
5、自然修复和人为措施相结合原则。生态修复应遵循人与自然和谐相处的原则，控制人类活动对自然的过度索取，停止对大自然的肆意侵害，依靠大自然的力量实现自我修复。
6、此外，还要考虑生态修复的自然原则、美学原则等。但是，任何原则都是建立在以人为本、人与自然和谐相处这一最基本原则之上的。实施生态修复的基础是退化生态系统的现有状态，因此应因地制宜地实施区域的生态修复措施
