在木星的两极地区，这样的现象要弱一些，木星的高层大气也会往两极地区集中，因此纯净的大气比较多，而大气层又比较容易吸收蓝色的光线，就好像我们地球大气层的颜色一样，所以看上去就会偏蓝色了，同时木星的磁场又比较强，会吸引来到它身边的太阳风飞向它的两极地区，这样又容易产生极光，而极光的颜色也是偏蓝绿色的，再加上木星的两极因为未受太阳光直射，光线比较暗，即便有橘红色和白色的云也不容易看到，因此在木星两极大气吸收蓝色光，并且因为极光作用的情况下，看上去就容易显示出深蓝色了。
木星是一颗气态巨行星，我们所能看到的木星上事物都是其大气层，大气层之下的事物是看不到的，因此木星上的颜色和形态上的变化也是木星大气层的变化，在它的数千公里厚的大气层的下面是被巨大的压力压成液体的氢的海洋，在厚厚的液态氢的下面又是一层金属氢，金属氢的内部有一个岩质内核，但里面的温度很高，木星最中心的温度被认为在3万摄氏度以上，但是表层的温度却在零下148摄氏度左右。
