区别如下：
1、参加的险种不同：灵活就业人员：社保只参加养老保险和医疗保险，部分地区可参加失业保险。
在职职工：在职职工参加的社保包括养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险，就是我们常说的“五险”。
2、缴费基数不同：灵活就业人员：按上年全省在岗职工月平均工资的40%-100%为缴费基数。在职职工：按本人上年度月平均工资为缴费基数。
3、缴费比例不同：灵活就业人员：养老保险缴费比例为20%，医疗保险缴费以当地上年度城镇在岗职工月平均工资的80%为基数，按4.2%或8%比例缴纳基本医疗保险费。
在职职工：在职职工缴纳社保的比例如下：
（1）养老保险：单位缴纳比例20%，个人缴纳比例8%
（2）医疗保险：单位缴纳比例9%，个人缴纳比例2%
（3）失业保险：单位缴纳比例1%，个人缴纳比例0.2%
（4）生育保险：单位缴纳比例0.8%，个人不缴费
（5）工伤保险：单位缴纳比例0.8%，个人不缴费
4、缴费主体不同：灵活就业人员：个人需要承担全额的社保费用。在职职工：缴纳社保所需费用由用人单位和职工共同承担，用人单位承担大部分，职工承担小部分。由单位代扣代缴社保费用。
5、户籍限制不同：灵活就业人员：个人缴纳社保必须拥有当地户籍，没有当地户籍只能参加城镇职工社保。在职职工：缴纳职工社保没有户籍限制，只要是全日制上班都可以缴纳。
6、缴费意愿不同：灵活就业人员：可以根据自己的实际情况来决定是否缴纳社保费用。在职职工：必须按照规定缴纳社保。
灵活就业社保是指没有固定职业人员所缴纳的养老保险和医疗保险，所有费用都是自己承担。职工社保是在职人员所缴纳的养老保险和医疗保险，所有费用中个人只承担8％，其余的用人单位承担。
灵活就业社保是个人自己交的，每月的全部费用100％扣自己钱。职工社保是单位给员工买的，员工只需交30％的费用，每月从工资中扣除。
