1，概念形成的时间不同。
九州这个概念出现在先秦时期，主要是典籍《尚书. 禹贡》中。
而十三州是东汉时期的概念。
2，具体内涵不同。
九州一词自战国时代以来代指整个华夏大地。
而十三州，十三州，是东汉时期，全国划分为十三州，是行政区划概念。按照刘秀建基的顺序，这十三州分别是：幽州，冀州，并州，兖州，司州（司隶校尉部），豫州，徐州，荆州，青州，扬州，凉州（先设雍州，后改凉州），益州，交州。
九州是指整个天下，而十三州是把天下分十三处。大禹冶水，把天下分成九州，九州是古代汉地代名词，是天下，全国的意思。东汉时期，由于国土面积大幅增加，刘秀将全国划分为十三州
区别就是九州在古代泛指整个天下，而十三洲指的是天下分为十三个州郡。
诗人龚自珍有诗云:“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀，我劝天公重抖擞，不拘一格降人才。”九州泛指整个华夏大地。而东汉十三州中的“州”指的是州郡，东汉时期，天下分为十三个州郡，曹魏占九个州郡，东吴占两个，扬州和交州，刘备占两个，荆州和益州。即古代“九州”的定义和东汉的“十三州”定义是不同的，一个泛指天下，另一个指的是州郡。
