山东航空学院共设有98个专业。其中最好的专业有以下三个:
1、空中乘务
培养目标：培养掌握现代空中乘务及民航安全管理知识，熟识行业国际规范，能为旅客提供优质服务，有自我创新和自我提高能力，德、智、体全面发展的外向型、应用型空乘、空勤服务与管理应用型人才。
2、民航安全技术管理
培养目标：培养具有民航安全技术管理的专业基础知识和技能，能从事民航安全管理工作，民航机场安全技术检查、消防护卫、安全运行、应急救援等岗位的高素质、高级技术应用型专门人才。
3、城市轨道交通运营管理
培养目标：培养现代化城市设施配套的轨道交通（包括地铁、轻轨、磁悬浮列车、快轨、有轨电车、新交通系统等）以及动车、高铁运营的中心、高级管理及服务专业人才。
交通运输
交通运输专业是一个系统理论与实践相结合且多学科交叉的专业。
地图学与地理信息工程
地图学与地理信息工程学科是研究地球空间信息存储等方面的科学与技术，通过建立起信息之间的联系，从而促进城市之间的建设与发展。
飞行技术
飞行技术专业的学生需要学习空气动力学和飞行力学等方面知识，并且具备在民用航空公司从事民航航线飞行驾驶方面的能力。
