1、昂貴的建置投資成本：ERP的建置需要花費的軟、硬件及顧問公司收取的顧問費都是龐大的開支，往往只有大型企業才有能力導入。
2、安全性問題：為合乎電子商務的需要，整合企業功能部門在單一系統所建構出的堅實安全性，在提供網絡模塊後，受到強烈的挑戰。
3、不夠充分的信息：系統內部的信息無法與其它企業或部門的系統整合，且也未將企業外部的情報整合其中。
4、高潛在成本：有下列高成本的花費
(1)、訓練成本：企業內部人員的教育訓練課程成本。
(2)、數據轉換成本：數據由舊有系統轉置到新ERP系統中的轉置成本。
