方法如下
編碼器軸轉動找零，編碼器在安裝時，旋轉轉軸對應零位，一般增量值與單圈絕對值會用這種方法，而軸套型的編碼器也用這種方法。缺點，零點不太好找，精度較低。
智能化外部置零，有些帶智能化功能的編碼器，可提供外部置位功能，例如通過編碼器附帶的按鍵，或外帶的軟件設置功能置零。
通電移動安裝機械對零，通電將安裝的機械移動到對應的編碼器零位對應位置安裝。
與上面方法相當，只是編碼器外殼旋轉找零，這主要是對於一些緊湊型安裝的同步法蘭（也有叫伺服法蘭）外殼所用。
偏置計算，機械和編碼器都不需要找零，根據編碼器讀數與實際位置的偏差計算，獲得偏置量，以後編碼器讀數後減去這個偏置量。例如編碼器的讀數為100，而實際位置是90，計算下在實際位置0位時，編碼器的讀數應該是10，而這個“10”就是偏置量，以後編碼器讀到的數，減去這個偏置量就是位置值。可重複多次，修正偏置量。對於增量值編碼器，是讀取原始機械零位到第一個Z點的讀數，作為偏置量。精度較高的編碼器，或者量程較大的絕對值多圈編碼器，多用這種方法。
