上海崇明區轄16個鎮、2個鄉：城橋鎮、堡鎮、新河鎮、廟鎮、豎新鎮、向化鎮、三星鎮、港沿鎮、中興鎮、陳家鎮、綠華鎮、港西鎮、建設鎮、新海鎮、東平鎮、長興鎮、新村鄉、橫沙鄉。
崇明陸域總面積1413平方公里，主要由崇明、長興、橫沙三島及環繞在周圍的淺灘、沙洲組成，灘塗資源豐富。西接長江，東瀕東海，南與上海市浦東新區、寶山區、嘉定區及江蘇省蘇州市太倉市隔江相望，北與江蘇省南通市海門區、啟東市相隔。
崇明區崇明島位於中國海岸線中點位置，地理方位東經121°09′30″至121°54′00″，北緯31°27′00″至31°51′15″，地處中國最大河流長江入海口。全島面積1269.1平方公里，東西長80公里，南北寬13一18公里。全島三面環江，一面臨海。
中興鎮、陳家鎮、綠華鎮、港西鎮、建設鎮、新海鎮、東平鎮、長興鎮、新村鄉、橫沙鄉。
崇明島全島分兩塊行政區域，分屬江蘇南通市和上海崇明區。崇明島大部屬上海市崇明區，小部分屬於江蘇省南通啟東市啟隆鎮和南通海門市海永鎮，位於崇明島北端。
