1、 外源目標基因的分離、克隆以及目標基因的結構與功能研究。這一部分的工作是整個基因工程的基礎，因此又稱為基因工程的上游部分。
2、 適合轉移、表達載體的構建或目標基因的表達調控結構重組。
3、 外源基因的導入。基因工程，又稱為DNA重組技術，是以分子遺傳學為理論基礎
基因工程主要包括基因重組、基因組的改造、核酸序列分析、分子進化分析、分子免疫學、基因克隆、基因診斷和基因治療等內容。
基因工程是以分子遺傳學為理論基礎，以分子生物學和微生物學的現代方法為手段，將不同來源的基因按預先設計的藍圖，在體外構建雜種DNA分子，然後導入活細胞，以改變生物原有的遺傳特性、獲得新品種、生產新產品的遺傳技術。基因工程技術為基因的結構和功能的研究提供了有力的手段。
基因重組、克隆和表達的設計與構建（即重組dna技術）涉及到基因工程菌或細胞的大規模培養以及基因產物的分離純化過程。
