面巾紙和衞生紙在品質上主要區別在於：面巾紙一般具有濕韌強度（一種代表紙張在完全潤濕狀態下的韌性指標）。衞生紙則一般不允許具有濕韌性，以防止在使用後紙張不易分解而堵塞衞生化糞池。
衞生紙主要針對在衞生間如廁後清潔使用，而其他用來清潔臉、手等人體部位均使用面巾紙，故較重視觸感。面巾紙的產品標準是GB/T20808—2006《紙巾紙（含濕巾）》，是參考食品標準建立的而衞生紙的產品標準是GB20810—2006《衞生紙（含衞生紙原紙）》。兩者衞生標準均可依據GB15979《一次性使用衞生用品衞生標準》。
