新鮮花椒如果採用真空包裝大概可以存放一年之久，打開時依然能夠聞到它原始的清香味。而乾花椒利用真空包裝最好的可以存放三到五年之久。
花椒是可以在塑料瓶裏存放的。花椒怕潮怕濕一般需要密封保存。將買回來的花椒挑去雜質，然後找一個乾淨的塑料瓶(像飲料瓶就可以)，把裏面的水分晾乾把花椒放進去擰緊瓶口，放到冰箱或者是乾燥通風的地方，需要的時候到一點出來然後迅速蓋好瓶口就可以了。
乾花椒用這個方法能保存3-5年傳統的花椒乾製方法是集中晾曬或用陰涼乾燥處陰乾，所需時間比較長，一般需6-10天，且在此期間如果遇到陰雨天氣就容易出現黴變等問題造成損失。現在多采用人工烘烤方法，可用土烘房或烘乾機進行乾製。人工烘烤的花椒色澤好、能夠很好的保存花椒的各種風味物質。
