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酱油用的原料是植物性蛋白质和淀粉质。
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植物性蛋白质遍取自大豆榨油后的豆饼，或溶剂浸出油脂后的豆粕，也有以花生饼、蚕豆代用，传统生产中以大豆为主
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淀粉质原料普遍采用小麦及麸皮，也有以碎米和玉米代用，传统生产中以面粉为主。原料经蒸熟冷却，接入纯粹培养的米曲霉菌种制成酱曲，酱油酱曲移入发酵池，加盐水发酵，待酱醅成熟后，以浸出法提取酱油。
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制曲的目的是使米曲霉在曲料上充分生长发育，并大量产生和积蓄所需要的酶，如蛋白酶、肽酶、淀粉酶、谷氨酰胺酶、果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶等。
传统的制作方法:
1、 脱脂大豆因原形已破坏，采用洒水方式使其吸水，其洒水量为脱脂大豆重量的120~130%。整粒大豆则用水浸渍。
2、 浸渍后进行蒸煮，69~90兆帕的压力蒸煮0.5~1小时，然后蒸煮锅内立即减压，迅速冷却至40℃左右。
3、 小麦精选之后焙炒并破碎、压碎，其程度以将小麦碎成3~5粒并混有适量的粉末为宜。
4、 将蒸煮的脱脂大豆和破碎的小麦，按大致相同的容量进行混合。接种曲菌进行制曲。
5、 将波美19°(含食盐23%)的食盐水放入罐中，再加入制好的曲菌进行发酵。加入的盐水量为脱脂大豆和小麦容量总和的1.2~1.3倍(称12~13的水发酵)。将曲子放入食盐水中发酵后的物质称为酱醪。发酵后每天应送入压缩空气进行搅拌。最初曲子浮于食盐水面而不溶解，但不久就成为粘稠状态。
6、 一般需1年的成熟期。通过夏季发酵，色泽加深，称为成熟酱醪。成熟中原料的各种成分，因曲子的酶和繁殖起来的 Zygosaccharomyces mayor 和Soyac 等耐盐性酵母、乳酸菌及其它细菌的作用而发生了变化。蛋白质水解成低级的缩氨酸和氨基酸，并还可进一步分解。而淀粉则水解成糖。
7、 再通过微生物的作用将糖分解成酒精和乳酸、醋酸等有机酸。生成的酒精和有机酸，再进一步分解成具有香气的酯类，同时也改进了色泽。
8、 熟成的酱醪放入滤布或袋中压榨出汁，所得的液体就是生酱油。静置数日之后，所含渣滓沉降即可进行加热杀菌。
