他们有区别，区别在于：一般太乙神数注重于预测天象自然灾害方面的事情、奇门遁甲注重于地理环境是否有利。
补充说明：
对于奇门来说，它最主要的一个东西，就是能量，和敌我双方，这是奇门的核心，只要奇门盘一出，不管你所问的任何事情，都是以敌我双方来分析的，然后以双方的能量强弱，来作对比，谁的能量高，就对谁有利，所以，奇门是一个比较厉害关系最好的一门学科，对于选择这方面来说，奇门无疑是最有价值的。
太乙：又称太乙神数，简称太乙，为三式之首，乃统十二运卦象之术，是我国古代推演国家重大政治事件、天灾人祸、气数命运以及历史发展变化规律的数术学。
太乙神数的分类方式和奇门遁甲有些类似，通过起局方式和占断事物大小复杂程度的不同，太乙神数也分为：年家太乙神数、月家太乙神数、日家太乙神数、时家太乙神数。其中年家太乙神数主测一国运势以及各地灾害与大事，月家太乙神数和日家太乙神数更多辅助用于兵事占卜，时家太乙神数则用于应对人事占卜。从起局的复杂程度来讲，时家太乙神数最为复杂，所以一般测人事的时候更多以大六壬或者奇门遁甲代替。
