“驻藏大臣”是雍正皇帝设立的。乾隆五十八年(1793)，在平定廓尔喀入侵后，清廷颁行福康安所奏《藏内善后章程》，加强了驻藏大臣的权力和地位，并对其职权做了明确规定。此后遂成定制。驻藏大臣之设立是自唐宋以来中央政府对西藏地方管理制度的重大发展。虽入选良莠不齐，明庸互见，但这一制度对于加强祖国统一，巩固边防，促进民族团结均起过积极作用。
1720年，康熙派兵驱逐准噶尔部，平定西藏，结束了蒙古诸部在西藏地方的统治，任命四名藏族贵族为噶伦，联合掌政。
雍正元年（1723），青海蒙古和硕特部罗卜藏丹津发动叛乱，皇帝谕令鄂齐、班第、扎萨克大喇嘛进藏，会同昌都总兵官周瑛办理“画定内地疆界”事宜。
又于雍正五年（1727）正月派内阁学士僧格、副都统马喇为驻藏大臣，并设立驻藏大臣衙门，长期驻藏办事。
